Com a integração dos Portos de Faro e Portimão na esfera de competências da APS, inevitávelmente serão introduzidas algumas alterações de modo a harminizar e uniformizar o funcionamento das diferentes estruturas portuárias.

Uma das medidas que irá conhecer já hoje a luz do dia passa pela extensão da JUP II atualmente em vigor em Sines aos Portos do Algarve. Esta poderosa ferramenta de fluxo de informação será idubitávelmente uma clara mais valia para todos os intervenientes e para todas as Autoridades Oficiais que interagir neste sistema.